Está compuesta por dos grandes unidades neomorfológicas. La mayor en dirección Noroeste alcanza 12 Km. de largo por 3 de ancho y se encuentra afectada por fuertes procesos erosivos. Su topografía se caracteriza por estar dominada por el macizo del cerro El Yunque (917 m.s.n.m) y por profundas quebradas limitadas por cordones que corren en dirección Noroeste, llegando los acantilados hasta la costa. La península que se extiende al Suroeste de la isla es muy diferente. Es baja en su mayor extensión, con una superficie levemente plana sobre la cual emergen pequeñas colinas.

 

ISLA SANTA CLARA se ubica a 1.5 Km. al suroeste de Isla Róbinson Crusoe. Presenta una superficie plana con una altitud máxima de 376 m.s.n.m (cerro Johow). Por las características geomorfológicos y la composición de sus lavas, se postula que sería el primer centro volcánico que originó la Isla Róbinson Crusoe y por lo tanto, de mayor antigüedad (de 4 a 5 millones de años).

 

ISLA MARINERO ALEJANDRO SELKIRK tiene la forma de un trapezoide cuyo lado más extenso forma la costa Noroeste. Cerca de la costa y paralela a ésta se extiende una montaña elevada (900-1400 m.s.n.m) cuyo cerro Los Inocentes alcanza los 1.650 m.s.n.m, la máxima altitud del archipiélago. Esta sierra se continúa bajando hacia el lado Este, por una altiplanicie cortada por profundas quebradas.

 

Este archipiélago es reconocido a nivel mundial por el alto nivel de endemismo de su flora, por las características biológicas de las plantas y por sus relaciones fitogeográficas tan distantes. Toda la Flora que migró a estas islas, hace 2 a 4 millones de años, se relacionan con la flora de otros lugares muy distantes como Nueva Zelanda, Hawai, otras zonas tropicales, y también desde Magallanes, Los Andes y la Antártica. Todas estas especies llegaron por distintas vías como aire, agua o transportadas por aves.

 

Desde su descubrimiento, este archipiélago ha estado sometido a una fuerte explotación de sus recursos, lo cual a llevado a este singular ecosistema a que presente graves problemas de conservación.

 

El primer intento para proteger este ecosistema, fue la aplicación de la Ley de bosques, bajo la cual fue declarado Parque nacional, en 1935. En 1985 se comienzan los primeros ensayos de propagación de algunas especies vegetales endémicas en las instalaciones del parque. En la actualidad el parque tiene en manejo el 50% de las especies con técnicas conocidas de propagación. El Proyecto de "Conservación, Restauración y desarrollo del Archipiélago de Juan Fernández", realizado por CONAF, gracias a los fondos económicos aportados por el gobierno de Holanda, han permitido desarrollar programas orientados a la protección de este Parque nacional, acciones en recuperación de áreas alteradas a través de técnicas de restauración mecánica y biológica de algunos sitios, replantación de flora endémica, manejo de plagas que alteran al parque. El manejo de plagas de especies introducidas como el conejo y la cabra, se realiza a través de caza dirigida, y sobre la zarzamora, especie vegetal introducida, por medio de métodos químicos y mecánicos.

 

Tan interesante como la flora del lugar, es su fauna, este archipiélago por su condición geográfica es escala obligada de aves marinas migratorias, así como residencia permanente de diversas especies endémicas como Fardelas y el Picaflor Rojo (Sephanoides Fernandensis). Como especie endémica marino, encontraremos al Lobo fino de Juan Fernández (Arctocephalus Phillippi), mamífero que habita exclusivamente el Archipiélago de Juan Fernández y las Islas Desventuradas (San Félix y San Ambrosio).

 

También, por los antecedentes entregados por la expedición de Lord Andson en el siglo XVIII, habría existido en estas islas el elefante marino, de ser así, hoy está extinto. El lobo fino de dos pelos, aparentemente comenzó a ser explotado a partir del descubrimiento de este archipiélago en 1574, continuando su explotación incluso después de 1880, año en que se declaró especie en extinción. A pesar de esto, en 1891 y hasta 1898 aún se continuaba cazando lobos finos en el archipiélago, sólo algunos ejemplares lograron refugiarse en protegidas cuevas, lo que permitió salvar la especie. En la actualidad, gracias a los programas de protección, esta especie bordea los 30.000 ejemplares, 10.000 en I. Róbinson Crusoe y Santa Clara y 20.000 en Isla Alexander Selkirk.